Klubi i Prishtinës është nismëtar i ndarjes së futbollit të Kosovës nga ai serbosllav pikërisht në vitin 1991. E para, Prishtina kishte zhvilluar një ndeshje, në Shkup me Ballkan Stokokomerc dhe kishte fituar me rezultat 2:1. Ndeshjen e dytë refuzuan të udhëtojnë dhe të luajnë në Prijedor me Rudarin dhe po ashtu nuk e pritën Mogrenin e Budvës. Prishtina garonte në Ligën e Dytë Unike të ish-Jugosllavisë. Konsiderohej si nga favoritët së bashku me Mogrenin që të ngjitej në elitë. Këtu gjithçka mori fund.
Eroll Salihu, sekretar i përgjithshëm i Federatës së Futbollit të Kosovës, ka qenë i pari prej futbollistëve të Prishtinës që e kishte refuzuar Serbinë në kohën e masave të dhunshme. Atëkohë kryetrajner ka qenë Ajet Shosholli, që më së miri e di situatën, po ashtu edhe Arbnor Morina, futbollist i kësaj skuadre në at periudhë, që jep lajmin se çdo gjë merr fund me serbët. Kjo ishte treshja që përmendet më së shumti, pa harruar edhe të tjerë futbollistë që iu bashkuan këtyre trimave dhe i thanë Jo të madhe garave me Serbinë. Por duhet theksuar edhe një detaj, të vet gazetarit të mirënjohur sportiv, kur në opinionin e tij kishte shkruar: “Më 6 qershor të vitit 1991, në Gërmi, u zhvillua ndeshja e futbollit të vogël ndërmjet Flamurtarit dhe 2 Korrikut të Prishtinës. Nga kjo ndeshje u mbajt edhe protokolli i nënshkruar nga Sejdi Mërkoja. Pati fituar Flamurtari me rezultat 4:1 (2:0)”. Në fakt, disa thonë se Prishtina ka qenë flamurtare e ndarjes nga futbolli serbosllav, por në anët tjetër, disa këmbëngulin se ndeshja e futbollit të vogël që u luajt në Gërmi ka ndarë të gjitha rrugët me Serbinë.
