Historia e futbollit e Kosovës ka shumë gjëra që shumë herë të bëjnë ta kapesh kokën, se çfarë kishin përjetuar nga okupatori serb në vitet 1991-99. Një histori që nuk harrohet kurrë, për faktin se sportistët vazhdimisht ishin të përndjekur, rrahur, burgosur, qe besa ndonjë nga ta edhe u vra nga milicia serbiane. Me rastin e 10 vjetorit të Pavarësisë, dy figura shumë të rëndësishme te futbollit, Sejdi Mërkoja dhe Ismail Kasumi shpalosen shume detaje rreth Pavarësimit të Futbollit në Kosovë. Ata folën mbrëmë në emisionin me gazetarët Avni Shabani dhe Qeqa Krelani në Radio Kosovë, ku mes të tjera thanë: Ish futbollisti dhe tani trajner i KF Gjilani, Arbnor Morina ka qene njeriu kryesore apo lidhja kyçe në mes Prishtinës dhe formimit të gjithë grupit iniciues, për pavarësimin e futbollit të Kosovës. Shtabi profesional i klubit Prishtina përbehej nga trajnerët Ajet Shesholli, Shefqet Sinani dhe Ramadan Cimili. Ajetit i ofrohen 60 mije euro te vlefshme të asaj kohe, që të nënshkruaj kontratë me klubin që aso kohe te menagjohej nga serbet, mirëpo ai kategorikisht refuzon këtë oferte. Takimi i parë me klube është mbajtur në një lokal në lagjen e Muhaxherëve.
Takimi i dyte mbahet në shtëpinë e Ejup Maxherës. Me 15 korrik ne mbledhjen që konsiderohet mbledhja e famshme e klubeve, të gjithë lojtaret pajtohen që të shkëputen nga sistemi i regjimit serb dhe të fillohet rruga drejt pavarësimit. Hapat e parë të pavarësimit të sportit janë bërë në vitin 90' ne mbledhjen e mbajtur në Lidhjen e Sporteve të Prishtinës quajtur LOKFA. Ejup Maxhera ishte sekretare, ndërsa në kryesi të Lofkës ishin Esat Stavileci, Sejdi Merkoja, Nexhmedin Hashani, Muhamet Nimani, Nazmi Reshica. Nl mbledhje kërkohet nga një serb që të gjithë ta pranojnë ndryshimin e statutit të lidhjes së sporteve të Prishtinës në mënyrë që të quhet Kosovë e Metohi. Ejup Maxhera në postin e sekretarit nuk pranon dhe te nesërmen shkarkohet nga detyra me dhunë. Me 25 Maj, 91' formohet Asociacioni i Pavarur i Kosovës, i quajtur Bashkimi i Shoqatave te Pavarura Sportive te Kosovës. Kryetare është zgjedhur Ali Latifi, karateisti i njohur i cili edhe e inicioj një gjë të tillë. Kryesia në mbledhjen e parë i cakton njerëzit për formimin e federatave të sporteve që dikur quheshin Shoqata e Sporteve. Merkoja caktohet si përgjegjës për formimin e Federatës se Futbollit, Rashit Sejdiu caktohet për formimin e Federatës se Basketbollit e kështu me radhë.
Kuvendi themelues i Federatës se Futbollit te Kosovës është mbajtur me 20 gusht '91 në shkollën Asim Vokshi në Prishtinë, në lagjen Kodra e Trimave. Kryetare i parë i FFK-se është zgjedhur Agim Bytyqi. Burim Hatipi ishte propozuar paraprakisht për kryetar të FFK-së, mirëpo nuk pranon për shkak të dëshirës së tij që të vazhdoj punën si trajner. Nënkryetarë u zgjodhën Gafur Kabashi dhe Hamdi Toverlani. Sekretare, Sejdi Mërkoja dhe kryesia vazhdon e përbërë nga Xhaver Morina, Haki Loci, Arbnor Morina, Shpëtim Kuçi, Bedri Hamza, Jakup Berisha, Ermen Nuredini, Bajram Zeqiri dhe Ferat Qorraj. Shoqata e parë e referëve mbas pavarësimit të futbollit është formuar në shtëpinë e Myftar Orhanit, ish gjyqtar. Kryetar zgjidhet Shinasi Berisha, refer internacional dhe idhull i referimit për shumë gjyqtarë të rinj të asaj kohe.
Kryesia për të marrë vendim që të fillojnë garat e Ligës së Pavarur të Futbollit të Kosovës, mban mbledhje në Nashic të Prizrenit me 3 shtator 91'. Aty vendoset që të marrin pjesë 20 klube dhe të formohet një ligë e Kosovës.
Ndeshja e parë luhet me 13 shtator në ora 16.00 në stadiumin e Flamurtarit. Takimi historik zhvillohet në mes te Flamurtarit dhe Prishtinës. Goli i parë është shënuar nga Eroll Salihu, tani sekretar në FFK. Flamurtari fiton lojën 3:2. Gjyqtarë kryesorë është Ismail Kasumi i cili tregon që ndeshjen e ka filluar pa asnjë karton në xhep me vetë dëshirë. Realisht tregon që brenda lojës, ishin 5 raste që duhej të dënoheshin me karton.
Stadiumi i Flamurtarit ka dhënë kontributin kryesorë në sportin e Kosovës, duke qene vendi kryesorë i mbajtjes te të gjitha garave.
