Kur ai mbërriti në Bergamo Atalanta nuk ishte në këto nivele.
Berat Gjimshiti zbarkoi në veri të Italisë, edhe pse luante në shtetin ngjitur që ishte Zvicra, si pjesë e Zyrihut, në 18 janar të vitit 2016 firmos për ekipin bluzi.
Një mbrojtës shtatlartë që debutimin do ta bënte disa muaj më vonë, saktësisht në maj kundër Napolit, ndërsa luajti edhe dy ndeshjet e fundit, po 90 minuta, në atë kohë trajner ishte Edoardo Reja, i cili më vonë do të merrte edhe drejtimin e Kombëtares shqiptare. Sezoni për Atalantën u mbyll në vendin e 13-ë, me pak pikë sipër zonës së ftohtë, një vit ku luftonin për mbijetesë. Pas largimit të Rejës, drejtimin e merr Xhanpiero Gasperini, ndërsa Gjimshiti huazohet tek Avelino në Serinë B.
Berati luan 35 ndeshje dhe kthehet sërish tek Atalanta, por hapësirat nuk gjenden ende, pasi në rolin e tij në ekip janë: Mazielo, Zukanoviç, Toloi dhe i riu Kaldara.
Në atë kohë, te bergamaskët në portë ishte Etrit Berisha.
Kështu, klubi vendos që ta dërgojë te Benevento, e cila garonte në Serinë A, por sërish në huazim. Pas një sezoni shumë të mirë, Gasperini bindet që Gjimshiti ka vend në ekip. E nis titullar tri ndeshjet e para dhe më pas ulet në stol, për t’u rikthyer 8 ndeshje më pas kundër Interit, ku gjen edhe golin e parë me fanellën e Atalantës në fitoren 4-1. Atë vit luan 24 ndeshje dhe arrijnë që të kualifikohen në Ligën e Kampioneve për herë të parë në historinë e klubit.
