Një studim i ri nga MIT sugjeron se dhjetëra mutacione në variantin e proteinës me thumb të omicron ndihmojnë për të shmangur të katër klasat e antitrupave që mund të synojnë virusin SARS-CoV-2 që shkakton koronavirusin.
"Kjo përfshin antitrupat e prodhuar nga njerëz të vaksinuar ose të infektuar më parë, si dhe trajtimet më të zhvilluara me antitrupa monoklonal," tha Ram Sasisekharan, profesor i inxhinierisë biologjike dhe shkencave shëndetësore dhe teknologjisë në Alfred H. Caspari (HST) në MIT.
Duke përdorur një qasje llogaritëse që i lejoi ata të përcaktojnë se si aminoacidet e mutuara të thumbave të proteinave virale ndikojnë në aminoacidet aty pranë, studiuesit ishin në gjendje të fitonin një pamje shumëdimensionale se si virusi shmang antitrupat.
Sipas Sasisekharan, qasja tradicionale e ekzaminimit vetëm të ndryshimeve në sekuencën gjenetike të një virusi redukton kompleksitetin e sipërfaqes tredimensionale të proteinës me thumba dhe nuk përshkruan kompleksitetin shumëdimensional të sipërfaqeve të proteinave me të cilat antitrupat përpiqen të lidhen.
"Megjithëse omicron është në gjendje të shmangë shumicën e antitrupave në një farë mase, vaksinat ende ofrojnë mbrojtje. Ana e mirë e vaksinave është se ato nuk prodhojnë vetëm qeliza B, të cilat prodhojnë një përgjigje monoklonale (antitrupa), por edhe qeliza T, të cilat ofrojnë forma shtesë mbrojtjeje”, tha ai.
Duke përdorur qasjen e tyre për modelimin e rrjetit, studiuesit studiuan se si secili prej mutacioneve në RBD ndryshon formën e proteinës dhe ndikon në ndërveprimet e saj me katër klasa të antitrupave njerëzorë që synojnë SARS-CoV-2. Antitrupat e klasës 1 dhe 2 synojnë vendin RBD që lidhet me receptorin ACE2, ndërsa antitrupat e klasës 3 dhe 4 lidhen me pjesë të tjera të RBD.
Studiuesit krahasuan variantin omicron me virusin origjinal SARS-CoV-2, si dhe variantet beta dhe delta. Variantet beta dhe delta kanë mutacione që i ndihmojnë të shmangin antitrupat e klasës 1 dhe 2, por jo të klasës 3 dhe 4. Omicron, nga ana tjetër, ka mutacione që ndikojnë në lidhjen e të katër klasave të antitrupave.
Kompanitë farmaceutike deri më tash besonin se antitrupat e tyre monoklonal kishin të ngjarë të lidhnin omicronin dhe të mos humbnin fuqinë.
Megjithatë, kur të dhënat eksperimentale u bënë të disponueshme, u zbulua se varianti omicron u shpëtoi kryesisht antitrupave monoklonale të njohura si ADG20, AZD8895 dhe AZD1061, siç parashikohej nga analizat e rrjetit në këtë studim, ndërsa aktiviteti i antitrupit monoklonal S309 gjithashtu u reduktua për tri herë.
Përveç kësaj, studimi zbuloi se disa nga mutacionet në variantin omicron e bëjnë më të mundshme që RBD të ekzistojë në një konfigurim që lehtëson kapjen për receptorin ACE2, i cili mund të kontribuojë në tolerancën e tij të përmirësuar.
Studiuesit planifikojnë të përdorin mjetet e përshkruara në këtë punim për të analizuar variantet e ardhshme të shqetësimeve që mund të lindin.
