Në krye të grupeve dhe njësive ushtarake të rezistencës antikomuniste qëndruan personalitete me përkatësi sociale e ideologjike heterogjene, por që do t’i pranonin programin politik të NDSH-së.
Ndonëse në rrethana të shtetrrethimit ushtarak në Kosovë, në këtë periudhë vepruan rreth 55 grupe të armatosura, të udhëhequra nga një strukturë komanduese që e përbënte një efektiv prej 60 vetash më të vendosur. Këto 55 grupe, në periudhën mars 1945-mars 1947, angazhuan rreth vetes dhe qëllimit të përbashkët për një periudhë kohore më të shkurtër, apo më të gjatë, si anëtarë të gueriles rreth 1323-1375 persona të armatosur. Këto grupe, ndonëse kishin komandë të veçantë, qëndronin në lidhje veprimi me njëri-tjetrin. Kështu, planifikonin aksione të përbashkëta, veprime politike e ushtarake dhe i vinin në ndihmë njëri-tjetrit. Lidhja në mes grupeve mbahej me anë të korrierëve me letra ose verbalisht.
Gjatë vitit 1945 grupet e armatosura, nuk morën aksione të fuqishme kundër pushtuesit, sepse, siç u tha, ishte fazë e këndelljes pas dhunës të cilën ushtria komuniste e shkaktoi nga fundi i vitit 1944 dhe gjatë shuarjes së revoltës së Kosovës deri në korrik 1945, kur u shpall aneksimi i Kosovës nga Serbia. U bënë vetëm disa aksione, kryesisht atentate kundër aktivistëve të UDB-së me një përqendrim më të madh kundër renegatëve shqiptarë. Kështu, gjatë vitit 1945, u likuiduan 12 aktivistë komunistë shqiptarë, 6 u plagosën dhe disa të tjerë u rrahën.
Edhe gjatë vitit 1946 nuk u shkaktuan luftime me për-masa të gjera. Vëmendja ishte përqendruar te konsolidimi ushtarak dhe likuidimi i bashkëpunëtorëve të sigurimit shtetëror jugosllav. Gjatë këtij viti u bënë 23 aksione, duke vrarë mbi 25 aktivistë e komunistë shqiptarë, 5 agjentë shqiptarë të UDB-së e 2 oficerë dhe duke plagosur 5 veprimtarë tjerë të UDB-së. Guerilja shqiptare në këtë fazë të lëvizjes u iku incidenteve me aktivistët e komunistët serbo-malazez. Në këtë periudhë u vranë vetëm dy serbo-malazez të dëshmuar si antishqiptarë. Ishin këto kryesisht hakmarrje në rrethinën e Istogut.
Në anën tjetër, në aksionet e UDB-së kundër gueriles shqiptare, më 1945, u pa se guerilja ishte më e zhdërvjellët. Kjo mund të pasqyrohet me rezultatet e 11 aksioneve të armatosura të organeve të ndjekjes. Në këto ndeshje forcat shqiptare patën 35 të vrarë, 5 të plagosur dhe 27 të zënë robër, kryesisht përkrahës të paarmatosur. Ndërkaq organet e pushtetit jugosllav patën 62 ushtarë të vrarë, 2 oficerë dhe më shumë se 64 të plagosur. Gjatë këtij viti pati edhe balla-faqime të tjera dhe pati humbje në të dyja anët. Sigurisht, organet shtetërore jugosllave pasqyronin vetëm humbjet e gueriles shqiptare. Sipas të dhënave të UDB-së shkruan: Gjatë vitit 1945 nga radhët u nxorën 1416 shqiptarë të armatosur. Nga këta 252 të vrarë, 148 të zënë robër dhe 795 të dorëzuar. Prej dezertorëve 9 të vrarë, 57 të zënë robër, 847 të dorëzuar. Raporti thekson se në Greqi kishin ikur 196 veta e në Shqipëri 25 veta. Sipas këtij burimi, në Kosovë në vitin 1945 kishte rreth 2200 shqiptarë të arratisur dhe 1017 ushtarë shqiptarë të dezertuar nga forcat partizane, pra gjithsej 3217. Sipas llogarive, nëse e zbresim numrin 1416 që u nxorën nga radhët e efektivit më 1945, viti 1946 në male i zuri rreth 1798 luftëtarë e dezertorë. Sipas të dhë-nave të Ymer Berishës dërguar gjeneralit Hadgson, në atë periudhë gjendeshin rreth 4.000 luftëtarë. Nga njëra anë konsiderohet se ky numër ishte paksa i zmadhuar për qëlli-me propagandistike, kurse nga ana tjetër as shifrat e sigurimit shtetëror jugosllav mbi numrin e gueriles shqiptare në male nuk do të thotë që ishin plotësisht të sakta dhe se nuk kishte edhe tek ta tendencë të zvogëlimit.
Në pjesën e parë të vitit 1946, OZN-a jugosllave arriti të depërtonte gati në të gjitha grupet që vepronin ushtarakisht dhe politikisht. Sipas të dhënave, OZN-a deri më 1946 kishte depërtuar në 15 grupe të gueriles. Gjoja për t’i forcuar radhët e gueriles në grupe shkuan “luftëtarë të rinj”, që punonin për sigurimin jugosllav. Vetë Sigurimi kishte arritur t’i rekrutonte edhe një pjesë të luftëtarëve të gueriles, duke u premtuar se do të faleshin, të tjerët që u futën “vullnetarisht” në guerile me kërcënim ndaj familjeve, ose duke i joshur me të holla dhe pozita.
Bashkëpunëtorët e rinj të rekrutuar të sigurimit kryesisht ishin të stërvitur mirë, kishin instruksione të sakta dhe vepronin tepër fshehtas. Raportonin me shkrim ose me kontakte me persona të sigurimit dhe mbanin emra të fshehtë të koduar. Personat që OZN-a i kishte rekrutuar për një peri-udhë të shkurtër vranë 15 udhëheqës më të shquar të lëvizjes shqiptare dhe plagosën 12 të tjerë.
Përmes këtyre vrasjeve sigurimi jugosllav arriti të fuste hutim dhe panik te lëvizja çlirimtare. U arrit qëllimi i OZN-ës që të krijonin përçarje brenda njësive luftarake e të mbillej dyshimi i secilit për secilin. Kjo natyrshëm ndikoi në zvogëlimin e aftësive luftarake e manovruese të grupeve. Edhe jatakët (mbështetësit në popull) nuk ishin të sigurt, sepse shumë jatakë u vunë nën vështrim permanent të OZN-ës ose u lidhën me të.
Kështu ndodhi të vritej i tërë grupi në gjumë, siç ishte rasti i grupit të Hoxhë Arif Shalës së Sankocit-Drenicë, apo duke ngrënë bukë në sofër, siç ishte rasti i grupit të Azem Jashanicës-Bellaçevcit në Prapashticë-Gollak. Përderisa bëheshin përgatitjet e fundit për Kongresin e Blinajës, OZN-a kishte arritur ta arrestonte anëtarin e NDSH-së Hamdi Berishën, i cili, siç duket, kishte dhënë informata për punën e NDSH-së. OZN-a edhe në këtë rast kishte arritur ta fuste një agjent të vetin në kuadër të organizatës. Fatkeqësisht agjenti arriti ta zbulojë komitetin e Shkupit, Ferizajt, Gjilanit, Ka-menicës, Prishtinës dhe disa vende të tjera. Pas gjysmës së vitit 1946, gjegjësisht pas vrasjes së Ymer Berishës, në arrati ngelën vetëm disa grupe me fare pak luftëtarë, të ndjekur dhe të përndjekur, të sëmurë nga të ftohtit e dy dimrave të kaluar dhe të uritur, pa municion dhe pa përkrahje të sigurt të masave popullore. Në këto rrethana pati të tillë si Feriz Boja që, më 3 mars 1947, u dorëzuan tek organet shtetërore jugosllave ku u dënuan me shumë vite burgim.
Në rrethana të tilla OZN-a organizonte ndjekjen e grupeve me anë të popullit në masë deri në 1000 veta, vetëm pjesërisht të armatosur, ose më drejt të armatosur vetëm me disa spiunë e bashkëpunëtorë, kurse të tjerët me hunj e sëpata. Ata ishin të detyruar të dilnin me dhunë ndryshe do të trajtoheshin si tradhtarë dhe do të ndëshkoheshin.
Kështu, fundi i Luftës së Dytë Botërore, solli maskarallëk të madh ideologjik e civil për shqiptarët. Rezistenca Komuniste luftonte kundër Rezistencës Nacionaliste dhe anasjelltas; të dyja ato përballeshin me mbetjet e nazifa-shizmit po ashtu e tërë kjo krijonte sfondin e një Lufte Civile të pashpallur, që i ra si hije e zezë shqiptarit. Në këtë luftë, vëllai ishte i detyruar të dilte në “gjah” kundër vëllait, edhe babai kundër djalit, edhe djali kundër babait, edhe miku kundër mikut, edhe daja kundër nipit, edhe nipi kundër dajës.
Në luftë të tillë vëllavrasëse, luftëtarët e gueriles nacionale duhej të kishin kujdes të mos shkrepnin armët aty ku kishte masë; kjo u shkoi përshtati forcave partizane e njësive të sigurimit dhe rezultoi me dorëzimin e plagosjen e rreth 120 luftëtarëve dhe vrasjen e rreth 60 syresh. Sigurisht se humbjet ushtarake jugosllave ishin më të vogla. U vranë rreth 40 ushtarë, 9 oficerë dhe 12 të tjerë u plagosën. Realisht, kështu po i vinte fundi gueriles shqiptare dhe po fillonin proceset gjyqësore.
Grupi i Halim Spahisë u arrestua në korrik të vitit 1945. Procesi gjyqësor kundër grupit filloi më 20 tetor 1945 dhe zgjati 6 ditë. Më 27 shtator 1945, kryetari i Gjyqit shpalli vendimet ndaj 34 të akuzuarve, gjashtë prej të cilëve u dënuan me vdekje pushkatim: Halim Spahia, Tahir Deda, Rifat Krasniqi, Sefedin Ahmeti, Rexhep Avdullah Kabashi dhe Kajtaz Ramadani; ndaj 24 u shqiptuan dënime të rënda nga 2 deri më 20 vjet burg, ndërsa katër u liruan nga ak-takuza. Prokuror ishte Ali Shukriu, kurse kryetar i gjyqit Hivzi Sylejmani, Qamil Brovina dhe Kolë Shiroka anë-tarë. Gjykata vendosi për këto dënime:
Halim Spahia - pushkatim
Tahir Deda - pushkatim
Rifat Krasniqi - pushkatim
Sefedin Ahmeti - pushkatim
Rexhep Kabashi - pushkatim
Kajtaz Ramadani - pushkatim
Ahmet Derguti - 20 vjet burgim
Kadri Minushi - 20 vjet burgim
Gjemil Floku - 20 vjet burgim
Maliq Balija - 17 vjet burgim
Avdyl Rexhepi - 10 vjet burgim
Kadri Ramadani - 10 vjet burgim
Fehim Ibrahimi - 8 vjet burgim
Vaid Mustafa - 4 vjet burgim
Basri Salkoviqi - 7 vjet burgim
Abdullah Hajrullahu - 1 vit burgim
Abdullah Hamza - 1 vit burgim
Sadik Mehmeti - 1 vit burgim
Qamil Jemini - 1 vit burgim
Hasan Rrustemi - 1 vit burgim
Sheh Myhedini - 1 vit burgim
Procesi më i madh gjyqësor, që zgjoi interesimin e masave të gjera shqiptare, ishte pa dyshim “Procesi i At Bernard Llupit”; Kolë Parubit, Gjergj Martinit, Marie Shllakut e shumë të tjerëve, që ishin bashkëpunëtorët e ngushtë të Ymer Berishës.
Sipas raportit të CIA-s, At Llupi kishte mbajtur kontakte me profesor Ymer Berishën, shefin e forcave nacionaliste që vepronin në Jugosllavi me Ndue Përlleshin, që vepronte si agjent ndërlidhës. Anëtarë të tjerë të grupit të At Llupit ishin Marie Shllaku dhe mësuesi Gjergj Martini, të dy nga zona e Shkodrës. Ata ishin agjentë ndërlidhës mes na-cionalisteve të Shkodrës dhe atyre të Gjakovës, Prizrenit dhe Prishtinës.
Procesi i lartpërmendur filloi më 29 qershor 1946 dhe përfundoi më 11 korrik të të njëjtit vit, që do të thotë se zgjati gjithsej 13 ditë, pa llogaritur ditët e hetuesisë e të tjera. Më 29 qershor 1946, në Prizren, para trupit gjykues dolën 27 të akuzuar. Ata akuzoheshin pse e kishin dashur vendin e tyre, lirinë dhe një Shqipëri Etnike. Kryeprokuror ishte Ali Shukriu dhe verdikti i gjyqit ishte ky:
1. Marie M. Shllaku, studente, (1922), Shkodër, 13. 07. 1946. LP. neni3/1-2/2-4/2. (me pushkatim)
2. Bernard Filip Llupi, frat, (1886), Shkodër, (me pushkatim)
3. Kolë Tomë Parubi, profesor, (1905), Shkodër, (me pushkatim)
4. Gjergj M. Martini, mësues, (1917), Shkodër, (me pushkatim)
5. Marcel L. Vuçaj, nëpunës, (1923), Prizren, (2 vjet burg)
6. Isa Nexhat Çavolli, profesor, (1913), Pejë, (12 vjet burg)
7. Masar Hivzi Begolli, profesor, (1918), Pejë, (lirohet)
8. Hamzë Niman Begolli, mësues, (1916), Pejë, (lirohet)
9. Muhamet I.Vokshi, nxënës, (1928 ), Pejë, (5 vjet burg)
10. Jusuf Haxhiymeri, nxënës, (1927), Pejë, (1 vit burg)
11. Viktor Mark Gashi, nxënës, (1929), Pejë, (1 vit burg)
12. Frano Zef Çifllaku, nxënës (1928), Pejë, (5 vjet burg)
13. Jak Sebë Krasniqi, nëpunës (1922), Ferizaj, (5 vjet burg)
14. Osman Bajram Basha, nxënës, (1931), Pejë, (1 vit burg)
15. Skender Eshref Rizaj, nxënës, (1929 ), Pejë, (1 vit burg)
16. Engjëll Fran Berisha, nxënës, (1929), Pejë, (1 vit burg)
17. Shefqet Rr. Kelmendi, nxënës,(1930), Pejë, (1 vit burg)
18. Ramiz J. Kelmendi, nxënës, (1930), Pejë, (1 vit burg)
19. Kamber O. Pajaziti, nxënës, (1929), Pejë, (1 vit burg)
20. Sebë T. Mateja, nxënës, (1924), Prizren, (5 vjet burg)
21. Jak Tadej Shahini, mësues (1919), Gjinovc, (lirohet)
22. Gita Mjeda, punëtore (1928), Prizren, (lirohet)
23. Lucija Gj. Lekaj, shtëpiake, (1923), Shkup, (lirohet)
24. Sebë Petër Koliqi, furrtar, (1914), Prizren, (5 vjet burg)
25. Myftar B. Bala, bujk, (1914), Debërdolan, (12 vjet burg)
26. Binak Dema, (1871), Glloxhan, (1 vit burg)
27. Gjergj Deda, bujk (1918), Dobërdolan, (Rahovec), (2 vjet burg)
Në mëngjesin e 24 nëntorit 1946, në Prizren u pushkatuan: Marie Shllaku, At Bernard Llupi, Kolë Parubi dhe Gjergj Martini.
Gjatë muajve janar-qershor 1947 u zhvilluan shumë procese gjyqësore në: Shkup, Prishtinë, Gjilan, Tetovë etj., në të cilat u dënuan gjithsej 127 anëtarë të NDSH-së. Në përgjithësi, u shqiptuan 1.227 vjet burg të rëndë.
Më 6 shkurt 1947, në Gjykatën e Qarkut në Gjilan, prokurori Ali Shukriu akuzon dhe dënohen këta veprimtarë nacionalistë:
1. Hamdi Berisha - dënim me vdekje
2. Maliq Sahiti - 10 vjet burgim
3. Ramadan Agushi - 7 vjet burgim
4. Jakup Malisheva - 10 vjet burgim
5. Rexhep Shema Dajkoci - 15 vjet burgim
6. Arif Salihu - 11 vjet burgim
7. Rizah Osman Hoxha - 12 vjet burgim
8. Destan Budriga - 12 vjet burgim
9. Lazër Josipi - 12 vjet burgim
10. Rrustem Statovci - 20 vjet burgim
11. Sefedin Shabani - 15 vjet burgim
12. Hysen Murteza Dalladaku - 7 vjet burgim
13. Ismail Rrahman Mema - 15 vjet burgim
14. Nijazi Çarkaxhiu - 10 vjet burgim
15. Hamdi Dalipi - 3 vjet burgim
16. Zija Ymer Shuku - 7 vjet burgim
17. Haki Zylfiqari - 5 vjet burgim
18. Sali Aliu - 15 vjet burgim
19. Iljaz Beqiri - 1 vit burgim
20. Murat Zherka - 5 vjet burgim
21. Fehmi Ramadan Zherka - 15 vjet burgim
22. Hajradin Fazliu - 15 vjet burgim
23. Sylë Hajradin Fejza - 10 vjet burgim
24. Abaz Rexhep Behluli - 7 vjet burgim
25. Xhemail Maksuti - 1 vit burgim
26. Hajrush Jakup Halimi - 10 vjet burgim
27. Fahri Halimi - 20 vjet burgim
28. Hilmi Ejupi - 17 vjet burgim
29. Shefki Metushi - 5 vjet burgim
30. Ibrahim Grainca-Cërnilla - 20 vjet burgim
31. Asllan Buza - 8 vjet burgim
32. Raif Ejup Tasholli - 7 vjet burgim
Sipas aktgjykimit të Gjyqit të Qarkut në Prishtinë, të datës 30 prill 1947, dënohet “në emër të popullit” edhe grupi tjetër i nacionalistëve:
Ukë Sadiku - me vdekje
Ajet Gërguri - me vdekje
Gjon Serreçi - me vdekje
Hilmi Zariqi - me vdekje
Osman Bunjaku - me vdekje
Zhukë Haxhiu - 20 vjet burgim
Abedin Selman Braha -15 vjet burgim
Ali Riza - 10 vjet burgim
Avdullah Musliu - 10 vjet burgim
Hamid Emini - 7 vjet burgim
Në arsyetimin e dënimit, ndër të tjera, përmendet edhe bashkëpunimi i tyre me Ymer Berishën. Gjithashtu akuzoheshin për vrasjen e Milladin Popoviqit, Radosh Stoshiqit dhe disa shqiptarëve udhëheqës dhe bashkëpunëtorë të regjimit komunist. Ekzekutimi i dënimit me vdekje-pushkatim u bë më 31 gusht 1947 në orën 3 (të mëngjesit).
Gjykata e Qarkut në Pejë, më 1 prill 1948, i dënoi për veprimtari armiqësore dhe mbështetjen e Ymer Berishës e Ndue Përlleshit: Ndue Mark Januzin me 10 vjet burgim, Frrok Duhanin me 6 vjet burgim dhe Tomë Culajn me 6 vjet burgim.
Në Gjyqin e Qarkut në Prishtinë, në vitin 1950, u gjykua grupi i Pejës ku u dënuan: Kurtesh Basha 10 vjet burgim, Rifat Nushi 8 vjet burgim, Sylë Mehmeti 8 vjet burgim, Ramë Hajredini 4 vjet burgim, Gani Kastrati 4 vjet burgim, Sylë Shala 10 vjet burgim, Sali Kelmendi 6 vjet burgim, Bekë Tafili 5 vjet burgim, Ali Gashi 6 vjet burgim, Sali Hasani 3 vjet burgim.
Në fakt, ka edhe shumë grupe dhe individë që u dënuan për veprimtari armiqësore.
